懷恩堂的1區和3區擺放的是首創台灣唯一“箱體內外”看不見任何金屬件的骨灰箱。組裝結構的螺栓、固定板，皆不銹鋼材質。採用隱藏式組合，永不生生鏽，不需任何的保養。骨灰架及面板是以SMC材質做推廣，該材質防火防潮，乾淨美觀。能承受1600公斤重物砸下都不爆裂。 懷恩堂2區擺放的箱位則是水琉璃箱。 水琉璃是一種進口的新材料。仿製琉璃，以不飽和樹脂材料製成，其特點是重量輕，不易破裂，外觀極其相似琉璃。兩邊是以八大吉祥雕刻為裝飾。八大吉祥簡稱：輪、螺、傘、蓋、花、罐、魚、長。

懷恩堂落成並容納4816個箱位。懷恩堂整體的建築構造效仿於中國式建築三合院。三合院俗稱『正身帶護龍』或『大厝身雙護龍』。建築分為『正身』和『護龍』。中間的建築為『正身』及兩則稱為『護龍』。三合院規模可顯示屋主地位和『正身』的高貴。